書籍
- 金本理奈, 石原秀至「弱点克服 物理数学」東京図書(2019) 正誤表
- 杉村薫, 石原秀至「組織の力・応力の定量生物学」小林徹也編 定量生物学 第７章(2018年8月)化学同人
- 石原 秀至, 杉村 薫 「理論生物学の眺め方」望月敦史 (編) 生命科学の新しい潮流「理論生物学」第1章第2節 (2011年1月) 共立出版
日本語総説等
- 西出亮介 ，石原秀至「新しいパターン伝播機構：Turing パターンは曲面上で動き出す」生物物理64 pp. 38-41 (2024)
- 石原秀至, 杉村薫「組織変形の定量化手法と多階層連続体モデル」特集：細胞や個体の集団が生み出すかたち，パターンとダイナミクス, 生物物理 60 pp. 37-43 (2020)
- 杉村薫, 石原秀至 「細胞と組織をつなぐ新しいクラスの連続体モデル」生体の科学 70(4) pp. 333-338 特集メカノバイオロジー (2019)
- 石原秀至, 澤井哲 「細胞内反応場のゆらぎと細胞運動」 パリティ 32(11) pp. 22-25 (2017)
- 中島昭彦, 石原秀至, 澤井 哲「動く細胞が読み取る時間と空間：走化性のパラドクスと整流作用」生物物理 56(2), pp98-101 (2016) 表紙になっています。
- 杉村 薫, 石原秀至「組織応力の異方性が細胞の六角格子化を促進する」 生物物理 55(4),2 pp10-211 (2015)
- 石原 秀至, 杉村 薫「ベイズ推定でせまる形態形成の力学」医学のあゆみ253巻12号 pp.1135-1140 (2015)
- 石原 秀至, 澤井 哲「反応-拡散-駆動系として理解する細胞の形態変化」日本物理学会誌 第70巻第1号 pp.25-30 (2015)
- 杉村 薫, 石原 秀至「個体発生の力学の数理モデル解析」生体の科学 Vol. 65 (2014 Sept.-Oct.) 特集「生命動態システム科学」
- 石原 秀至, 杉村 薫「細胞のかたちから推定する“力”の場」実験医学 Vol. 31 (2013年5月号)特集「生命システムを定量する！」)
- 澤井 哲, 石原 秀至, 中島 昭彦「1細胞イメージングから見る細胞内シグナルの自己組織化現象」実験医学 Vol. 31 (2013年5月号)特集「生命システムを定量する！」)
- 藤本 仰一, 石原 秀至, 金子 邦彦「空間パタン形成の遺伝子ネットワーク進化理論 ―ネットワーク構造と機能の対応づけ」生物物理 Vol. 50, No. 1, 18-22 (2010)
- 石原 秀至, 杉村 薫「理論生物学研究の眺め方 A practical guide of theoretical biology for molecular biologists」蛋白質核酸酵素, 54 (12月号): 1993-1999 (2009) 2020 Volume 60 Issue 1 Pages 037-043